A estrutura organizacional da Prefeitura de São José dos Campos está prevista e demonstrada atualmente nos seguintes documentos: 

- Lei 10.294 de 9 de Abril de 2021

- Lei Complementar 681 de 15 de Dezembro de 2023

- Lei 11.055 de 14 de Março de 2025

- Organograma

A Lei nº 10.294/21 estabelece a organização da Administração Pública Direta, a partir de suas divisões orgânicas temáticas por Secretarias, Secretarias Adjuntas, Departamentos, Divisões e Assessorias.

As atribuições e competências de cada Secretaria e a respectiva divisão orgânica estão descritas detalhadamente na referida legislação. Assim, as atribuições das Secretarias, Departamentos e Divisões constam dos dispositivos normativos da Lei nº 10.294/21, sendo que cada capítulo dispõe sobre a estrutura de uma Secretaria específica.

Todavia, tal lei já sofreu algumas alterações, sendo que as atribuições e competências da Secretaria de Assuntos Jurídicos e seus órgãos estão atualmente dispostas na Lei Complementar nº 681/23.

Já em 2025 foi criada a Secretaria de Habitação e Regularização Fundiária, através da Lei nº 11.055/25, sendo que sua estrutura, atribuições e competência estão tratadas na aludida norma.