As Unidades de Conservação (UC) são áreas especiais legalmente instituídas por meio de lei, pela União, Estados ou Municípios e todas fazem parte do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC). 

A  Lei Federal 9.985 / 2000 criou o SNUC, regulamentado pelo Decreto 4.340 / 2002, e criou categorias de Unidades de Conservação, que foram divididas em dois grandes grupos, conforme o nível de proteção e uso permitido: Unidades de Conservação de Uso Sustentável, como APA - Área de Proteção Ambiental e RPPN - Reserva Particular do Patrimônio Natural, e Unidades de Conservação de Proteção Integral, como os Parques Naturais.

Unidades de Uso Sustentável

Área de Proteção Ambiental (APA)

Conforme a Lei Federal 9.985/2000 que criou o SNUC, a definição de APA corresponde a área em geral extensa, com certo grau de ocupação humana, dotada de atributos abióticos, bióticos, estéticos ou culturais especialmente importantes para a qualidade de vida e bem-estar de toda população humana. Tem como objetivos básicos proteger a diversidade biológica, disciplinar o processo de ocupação e assegurar a sustentabilidade do uso dos recursos naturais.

Esta é uma categoria de UC cujo objetivo é compatibilizar a conservação da natureza com o uso sustentável de parcela dos seus recursos naturais e pode ser formada por terras públicas ou terras particulares.

Nestas áreas a exploração é permitida, de maneira a garantir a perenidade dos recursos ambientais e dos processos ecológicos, mantendo a biodiversidade e os demais atributos ecológicos, de forma socialmente justa e economicamente viável.

São José dos Campos apresenta Áreas de Proteção Ambiental criadas pelo Município, pelo Estado e pela União, com sobreposição de territórios.

O Estado instituiu a APA de São Francisco Xavier e a APA do Banhado. O Decreto Federal nº 87561/82 criou a APA Mananciais do Rio Paraíba do Sul, que inclui o território municipal nas Microbacias do Rio do Peixe em São Francisco Xavier, da Represa do Rio Jaguari, do Rio Buquira, do Córrego do Vidoca e do Ribeirão dos Putins.

No âmbito municipal o Plano Diretor (Lei Complementar 612/18) e a Lei de Uso e Ocupação do Solo (Lei Complementar 623/2019) em vigor, definem e regulam o uso em três APAs municipais no território: Área de Proteção Ambiental Municipal de São Francisco Xavier, Área de Proteção Ambiental Municipal das Planícies Aluvionares dos Rios Paraíba do Sul e Jaguari e  Área de Proteção Ambiental Municipal da Serra do Jambeiro. 

As APAs Municipais, conforme estabelecido no Plano Diretor Lei Complementar 612/18, deverão ser regulamentadas em conformidade com o Sistema Nacional de Unidades de Conservação- SNUC. Nas APAs Municipais em que há sobreposição com as APAs estaduais ou federais, o modelo de gestão compartilhada deve ser adotado.

Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN)

Ainda dentro das categorias do grupo das Unidades de Conservação de Uso Sustentável  há a Reserva Particular do Patrimônio Natural.

São José dos Campos possui ao menos 4 UC dessa categoria: RPPN O Primata, RPPN Alto do Deco, RPPN Reserva dos Muriquis e RPPN Fazenda San Michele.

A RPPN O Primata foi oficializada pelo Governo do Estado em fevereiro 2011, com área de 352,91 hectares, cobertos por Mata Atlântica. Já a RPPN Alto do Deco foi instituída em 2016, com 67,03 hectares de vegetação nativa em toda sua extensão. A RPPN Reserva dos Muriquis é a mais recente (15/05/2018) com 41,34 hectares. As três foram instituídas por Resoluções do Governo do Estado e estão situadas no Distrito de São Francisco Xavier, na divisa com Minas Gerais, e apresentam enorme porção contínua de mata atlântica e de campos de altitude da Serra da Mantiqueira, além de grande riqueza de espécies de animais silvestres. A RPPN Fazenda San Michele foi instituída em 23 de abril de 2001, pelo Governo Federal e possui 40,97 hectares.

Unidades de Proteção Integral

Nas Unidades de Conservação de Proteção Integral é admitido apenas o uso indireto dos recursos naturais, ou seja, são aquelas onde deve haver a conservação dos ecossistemas em estado natural, com o mínimo de alterações.

O objetivo deste tipo de unidade é proteger e preservar áreas importantes ou sistemas complexos de valores naturais ou culturais, proteger recursos genéticos, desenvolver educação ambiental e pesquisa científica.

Conforme a Lei Federal 9.985/2000, o grupo das Unidades de Proteção Integral é composto pelas seguintes categorias, todas elas sobre áreas de domínio público: Estação Ecológica; Reserva Biológica; Monumento Natural; Refúgio de Vida Silvestre e Parque Nacional, sendo que esta última categoria, quando instituída pelo Governo do Estado ou Prefeitura, é denominada, respectivamente, Parque Estadual e Parque Natural Municipal.

Parques Naturais

A Prefeitura vem trabalhando para a implantação de Unidades de Conservação de Proteção Integral (UCPI), de acordo com as normas do SNUC, visando à preservação da biodiversidade local e dos remanescentes de Mata Atlântica e Cerrado presentes no território municipal. Hoje a cidade já possui o Parque Natural Municipal Augusto Ruschi (antigo Horto Florestal), criado pela Lei Municipal 8.195/2010, e o Parque Natural do Banhado, criado pela Lei Municipal nº 8.756/2012, em processo de consolidação.