Nosso município possui, em seu território, cinco espécies de primatas, algumas bastante ameaçadas, como o muriqui-do-sul (Brachyteles arachnoides), considerado o maior primata das Américas e o sagui-da-serra-escuro (Callithrix aurita). São encontrados, ainda, o bugio (Alouatta guariba), espécie que foi muito afetada com o surto de febre amarela, o famoso macaco-prego (Sapajus nigritus), e o sauá (Callicebus nigrifrons). Veja fotos na página da Galeria do Programa! A existência de remanescentes florestais de Mata Atlântica, sobretudo, no Distrito de São Francisco Xavier, assegurou a manutenção dessas espécies, que têm sido avistadas por moradores ou visitantes, alimentando-se ou em locomoção no seu ambiente natural.

Foi realizada pela Prefeitura de São José dos Campos, em janeiro de 2020, a primeira edição do Seminário sobre Muriquis e outros Primatas de São Francisco Xavier, com apoio da Subprefeitura de SFX e parceiros, como a Fundação Florestal e o ICMBio, com o objetivo de divulgar e sensibilizar sobre a importância dos primatas e da conservação dessas espécies em nossa região. Vários cientistas participantes do Seminário partilharam seu conhecimento, como a grande pesquisadora Karen Strier – Presidente da Sociedade Internacional de Primatologia (IPS), o famoso conservacionista Russell Mittermeier – Diretor do Global Wildlife Conservation, além de importantes nomes da primatologia brasileira como o Professor Fabiano Melo, do Muriqui Instituto de Biodiversidade - MIB e Universidade Federal de Viçosa - UFV, Leandro Jerusalinsky (CPB/ICMBio), Sérgio Lucena Mendes (INMA), Alcides Pissinatti, do Centro de Primatologia do Rio de Janeiro, dentre outros. Como desdobramento do Seminário, foi assinado um Protocolo de Intenções para o desenvolvimento de ações voltadas à proteção dos primatas na região, com realização de estudos científicos, atividades de Educação Ambiental e Ciência Cidadã, dentre outras.

Em 2021, durante os eventos da Semana do Meio Ambiente o Município, em 7 de junho, foi realizada uma Roda de Conversa virtual sobre Primatas e prováveis ações para o Município, com a contribuição das entidades que assinaram o Protocolo de Intenções. A Roda contou, novamente, com a presença de Karen Strier, da Universidade Wisconsin-Madison e Fabiano Melo - do Muriqui Instituto de Biodiversidade e Professor da Universidade Federal de Viçosa - e da participação virtual de diversos especialistas.

Em 2022, no mês de fevereiro, a Prefeitura realizou a segunda edição do Seminário sobre Muriquis e outros primatas de SFX e trouxe, mais uma vez os primatólogos e demais convidados, com a colaboração da Subprefeitura e apoio de inúmeras entidades, sobretudo, da APA Estadual são Francisco Xavier e a Associação Regenera Yama. As palestras e discussões do evento podem ser vistas no Youtube, pelo link: https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=y8w97EYRWX4

Em 2023, dentre os eventos da Semana do Meio Ambiente da Prefeitura e, com o apoio da Universidade do Vale do Paraíba – UNIVAP, foi realizada a palestra “Manejo de Fauna no Brasil: técnicas e avanços atuais” pelo Professor Fabiano Melo. O evento foi gratuito e aberto ao público, com emissão de certificado, mais voltado aos alunos e docentes dos cursos de Ciências Biológicas e Medicina Veterinária das universidades locais. A palestra foi mais uma ação, no âmbito do Programa Primatas, de divulgação sobre a importância dos projetos de conservação com espécies de primatas e visando despertar o interesse de estudantes da região e estimular a realização de estudos relacionados ao tema e produção de conhecimento local.

Foi realizada, em 2024, a 3ª edição do Seminário em São Francisco Xavier, nos dias 20 e 21 de abril. O evento foi gratuito, sem inscrições e, durante um dia e meio foram oferecidas palestras - Programação - de grandes especialistas em suas áreas falando sobre pesquisa e ações de conservação de primatas, divulgação científica, ciência cidadã, turismo de observação de fauna, além do debate importante, no sábado à tarde, na praça principal do Distrito, sobre clima, floresta, Bioeconomia e conservação de primatas. Estiveram presentes moradores de SFX, técnicos de órgãos estaduais, estudantes universitários, turistas, dentre outros que formaram um público diverso e bastante participativo. O Seminário atendeu aos objetivos previstos como a divulgação de projetos voltados à conservação de biodiversidade, envolvimento da comunidade local e universitária, estímulo ao aprendizado, troca de experiências e formação de parcerias para avanço das ações do Programa Primatas.